Em entrevista a um jornal em Novembro, Markovic disse que enquanto ele fosse presidente da federação, nenhum jogador abertamente homossexual poderia jogar na selecção nacional.
"Felizmente, o futebol é jogado apenas por pessoas saudáveis", disse Markovic na ocasião.
Várias associações de defesa dos direitos dos direitos LGBT na Croácia denunciaram a discriminação do dirigente.
Markovic, reeleito em dezembro passado para um quarto mandato, anunciou que vai recorrer da decisão da comissão disciplinar da UEFA.
Em 2007, a UEFA multou também por homofobia em 3000 euros o ex-técnico da Croácia, Otto Baric, por declarações que afirmam nunca permitiria que a sua equipe tivesse jogadores homossexuais.