As especulações sobre a suposta bi ou homossexualidade de Goya têm causado certo furor nos círculos artísticos espanhóis. Segundo Natacha Sesena, historiadora de arte, Goya declara sua paixão e desenha órgãos sexuais masculinos e femininos em cartas. "Meu Martín... Estou desesperado para ir contigo, porque gosto tanto de ti, nós nos damos tão bem, é impossível encontrar alguém comparável. Imagino como seria minha vida se pudéssemos estar juntos, caçar, beber chocolate e gastar os 23 reales que tenho na sua companhia... seria a maior felicidade do mundo”, escreveu o pintor. As cartas – escritas entre 1775 e 1800 - foram guardadas pelo sobrinho de Zapater, Francisco, após a morte do pintor, em 1828. As cartas não censuradas só vieram a público na década de 80. Numa das cartas, lê-se: "Oh! Tome, tome mil abraços" e acrescenta: "Tome o que não posso lhe dar", acompanhado por dois desenhos de genitálias. Goya tornou-se amigo de Zapater quando estudou em Zaragoza, antes de se casar e se fixar em Madrid. Segundo a historiadora, Zapater era “solteiro, ordeiro e meticuloso e durante toda a vida teve o cuidado de conservar as cartas de seu grande amigo". Além de ter relacionamento com Zapater, Goya também viveu paixão com a duquesa de Alba, Cayetena. Em 1797, após morte do marido dela, o pintor viveu com a duquesa durante nove meses na propriedade dos Alba em Sanlucar de Barrameda, perto de Cadiz.A duquesa teria sido a musa inspiradora de Goya no quadro Maya Desnuda, o primeiro na história da pintura a mostrar pêlos púbicos femininos. Goya, considerado o pai da Arte Moderna, foi casado e teve 20 filhos.