O comissário do Concelho Europeu para os Direitos Humanos, Thomas Hammarberg, apelou ao respeito dos direitos humanos das pessoas transgénero e transexuais.

"Os estados membros do Concelho Europeu devem fazer mais para deterem a transfobia e a discriminação a que são sujeitas as pessoas transgéneros e transexuais. A situação destas pessoas é de há muito ignorada e negligenciada, embora os problemas que enfrentam sejam muito reais e muitas vezes específicos deste grupo. Sofrem um alto grau de discriminação e intolerância em todos os aspectos da vida, bem como de violência. Pessoas transgénero e transexuais têm sido vítimas de brutais crimes de ódio, incluindo assassínios, em vários países europeus."

Um documento apresentado pelo comissário sobre este assunto, “Human rights and gender identity", determina que os direitos humanos internacionais, como o direito à vida, integridade física e os direitos de saúde, aplicam-se igualmente a todos, incluindo as pessoas transgénero e transexuais. Da mesma forma têm o direito à não-discriminação no mercado de trabalho.

O documento também descreve passos positivos dados por alguns por alguns países na protecção dos direitos transgéneros e transexuais. No entanto, a transfobia e uma genuína ignorância nesta área encontram-se muito espalhadas. O documento também recomenda que os estados membros do Concelho Europeu tomem mais acções para combater a discriminação, incluindo o treino de profissionais de saúde. Também é assinalado que não deve ser exigido uma submissão à esterilização ou outro tratamento médico para que a identidade de género de uma pessoa seja reconhecida.

Em portugal, as recomendações europeias sobre estes assuntos têm sido sistematicamente ignoradas pelos sucessivos governos, bem como os direitos humanos básicos a que se refere o documento não têm sido convenientemente reivindicados, sendo muitas vezes ignorados pelas várias associações e grupos LGBTTI existentes.